Внимание спойлер, сугубо личное мнение:
Все очень просто - первоначальная личность Харуторы пробудилась как и было в пророчестве (но не так как все думали). Теперешний он и он из прошлого - один и то-же человек, это как если-бы вы внезапно вспомнили свою прошлую жизнь но при этом оставались самим собой.
А так как вокруг него закрутилась такая котовасия заговоров и манипуляций - он решил уйти в подполье (вот-такой намек на 2 сезон) дабы разобраться во всем лично - не напрягая друзей и Нацумэ - к которой он испытывает чувства.

Лично меня очень беспокоит серия где Харутору врезал Тоичи в форме демона и вырубил его - а потом сказал "я слишком стар для всего этого", такое ощущение что он все время специально отвергает свою личность пытаясь жить как обычный школьник и только в конце - когда не остается иного выбора полностью пробуждается.